英德研究者溯源新冠病毒:A类集中出现于美国和澳大利亚

2020-04-12 19:23:38 来源:国际金融报 5个月斩获362.16%!

4月8日,英国剑桥大学和德国的研究人员在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表了一篇名《用基因进化网络分析新冠病毒》的研究报告,在网络上引起巨大反响。

  4月8日,英国剑桥大学和德国的研究人员在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表了一篇名《用基因进化网络分析新冠病毒》的研究报告,在网络上引起巨大反响。

  该论文认为,目前全球感染的新冠病毒实际上并非是同一种,而是变异分化成A、B、C三种类型。并且,这三种类型的病毒在全球分布范围不同。研究人员发现,在人类中最早出现的原始版本新冠病毒为A型。它虽然出现在武汉,但并没有在武汉流行开来,而是在美国和澳大利亚更为常见。

  这一研究一时引发热议,“最原始毒株普遍存在于美国,中国武汉流行开来的是变异毒株”的结论也纷纷见诸媒体。

  1

  原始新冠病毒A型

  更多出现在美国病例中

  与此前的学术文章类似,剑桥大学的论文也是一项从遗传进化角度溯源的一项学术研究。

  论文介绍称,研究人员通过绘制2019年12月至今年3月4日新冠病毒的基因发展史,发现了上述三种不同但又密切相关的病毒类型;然后通过在全球范围内收集的160份基因样本发现了不同类型的新冠病毒在全球传播的轨迹。

  具体而言,该文章先是将一种与新冠病毒的同源性高达96.2%的蝙蝠冠状病毒,即中国武汉病毒所的石正丽团队发现的BatCovRaTG13病毒,设定为新冠病毒在动物中的祖先。然后以此为参考,把从“全球共享流感数据倡议组织”(GISAID)的数据库中提取的160个世界各地的新冠病毒基因,按照进化的关系,分为了A、B、C三个类型。

  其中,与蝙蝠身上的那种冠状病毒最为接近的是A型新冠病毒,这也被研究人员认定为是在人类身上传播的新冠病毒的“原始”类型。然而,科学研究显示,这种A型的新冠病毒,虽然出现在了武汉,并感染了5名武汉人,在4名广东病例身上也有发现,但在武汉、中国乃至东亚地区被更多发现的,却是由A型新冠病毒的变异版,即B型新冠病毒。

  而A型病毒,则被更多地发现于美国和澳大利亚的病例中,其中早期的美国病例有在武汉居住旅行的历史。另外一种C型病毒,则是由在中国和东亚地区被广泛发现的B型病毒变异而来。但研究人员表示,在他们研究的160个基因样本中,没有发现中国大陆地区出现C型病毒。这种病毒更多地出现在欧洲,在新加坡、中国香港和中国台湾地区也有发现。

  换言之,单从这篇文章来看,最原始的A型新冠病毒,虽然出现在武汉,但并没有在当地流传开,反倒是由A型变异而来的B型在武汉传播了开来,进而传播到了中国其他地方以及东亚多个地方。而A型真正扩散开来的地方目前看来是美国和澳大利亚。流传于欧洲的C型则是由在中国和东亚广泛出现的B型变异出来的。

2

  病毒起源地还有待进一步确认

  对于广大中国人而言,人们更关注的是,这个研究能否就病毒的来源给出答案——尤其是,鉴于原始的A型病毒并没有在中国更多地传播开来,而是在美国更多地出现,这是否说明病毒源自美国?

  对于该问题,论文的第一作者、英国剑桥大学的Peter Forster博士在接受媒体采访时表示,不论是哪篇论文,目前仍无法就病毒的来源地给出一个明确的答案。不过,研究中发现的证据显示,新冠病毒最初感染人类的时间大致在2019年9月13日至2019年12月7日这个区间,这是通过病毒在中国境内的变异速度推算得出的。

  至于为何A型病毒并没有在武汉和中国大范围地出现,反而是由A型变异来的B型引起了剧烈传播?Peter Forster博士的回应是,这有可能是因为A型并不适应当地人的免疫系统,所以才变异成了B型。而对于A型为何更多出现在美国和澳大利亚,他的观点是这也有可能是因为A型更适应那里的人的免疫系统。

  那么,这些发现意味着什么呢?在英国剑桥大学的报道中,研究人员就表示他们的发现可能有助于各国顺着这些途径去寻找那些尚未被记录在案的传染源,预判下一步的疫情暴发可能会来自哪里,从而更好地对这些传染源采取隔离措施,避免疫情的再度扩散。

  截至目前,关于新冠病毒发源地的消息尚未有明确结论。4月10日,国家卫健委高级别专家组成员、中国疾控中心流行病学首席科学家曾光教授接受媒体采访,谈及海外疫情时也表示:“如果(疫情)没有控制住,只能说明两个问题:一是可能除了武汉以外,还有别的源地,我们没有发现,也许在国外还有。”

  4月5日,国家卫健委高级别专家组组长、中国工程院院士钟南山在接受媒体采访时指出,病毒起源尚无结论,目前业内存在各种各样的说法。“暴发地是在武汉,这是事实。它的起源就是表示这个病毒的上一代在什么地方。现在有一些资料(说)在美国、在意大利,原来在2019年就有过这样类似的情况。它们怎么(和目前的疾病传染现状相)联系?只能是需要很多的搞病毒分子生物学的,或者进化树的,经过科学训练的人能够把它搞清楚。所以到现在的话,没有人能够下任何结论。”

  3

  全球都在开展病毒溯源研究

  尽管结论尚不明确,但国际社会却在努力探索疫情源头,相关学术成果也不断刊出。

  3月17日,罗伯特 加里与澳大利亚悉尼大学的爱德华 霍姆斯(Edward Holmes)、美国斯克里普斯研究所的克里斯琴 安德森(Christian Anderson)以及英国爱丁堡大学的安德鲁 兰博(Andrew Rambaut)曾在英国权威杂志《自然 医学》(Nature Medicine)上发表文章表示,新冠病毒出现变异并不是在动物体内完成的,而是在由原始宿主传给人类之后通过反复的、小规模的传播过程中形成的,这个过程可能需要几年、也可能长达几十年。当然也不排除由动物传给人的时候突然发生了变异的可能。

  作者之一的杜兰大学医学院教授罗伯特·加里在接受美国广播公司(ABC)采访时表示,“我们的分析以及其他一些分析都指向了比那里更早的起源。武汉那里肯定有一些病例,但绝不是该病毒的源头。在积累到目前情况之前,这种病毒的较弱版本已经在人群中传播了数年,甚至几十年。武汉那个市场肯定有一些病例,但不是该病毒的源头。”

  2月底,来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员,联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员,在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表了关于新冠病毒发源地等问题的重要研究论文。该团队通过遗传学分析方法发现,华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方输入的。华南海鲜市场不是新冠病毒的发源地而是引爆点。

  此外,对于病毒的来源,美国国立卫生研究院院长弗朗西斯 柯林斯(Francis Collins)在其博客文章中提出两种构想,第一种构想是,随着新型冠状病毒在其天然宿主(可能是蝙蝠或穿山甲)中不断进化,进而感染人体细胞。第二种构想是,这种病毒在获得能够引发人类疾病的能力之前,就已经从动物进入到人类。经过数年甚至数十年的逐步进化之后,它们最终获得了在人与人之间传播的能力,并可以导致严重疾病。

  相关消息

  剑桥大学发论文:新冠病毒原始版本普遍存在于美国和澳大利亚

  近日,剑桥大学的一篇论文再次将新冠病毒的早期起源以及进化后的传播路径谜题展示在了全球人眼前。

  这篇发表在美国国家科学院院刊(PNAS)的论文中称,新冠病毒分A、B、C三类,其中,A类是病毒爆发的根源,多集中出现在美国和澳大利亚的受感染着身上,中国武汉只有极少数A案例;B类毒株是从A类变异而来,主要出现在中国境内(即武汉)。研究人员认为,C类型演化自B类,是欧洲主要感染者的类型,而且亚洲地区的香港、新加坡、韩国皆有此类型。

  该结论是如何研究得出的?据论文阐述,来自英国剑桥和德国的研究人员,自2019年12月24日至2020年3月4日,通过从全球各地采集并测序得出160份新冠肺炎患者的完整基因组数据(SARS-CoV-2病毒),通过绘制基因原始图谱关系,构建病毒的基因组发育网络得到的上述结论。

  自疫情爆发以来,病毒的来源以及传播路径一直是全球科研界追逐的焦点。虽然传言较多,但如果没有科研人员采集详细的数据并加以分析,任何指责武汉是病毒起源地的理论都是没有依据的。

  而剑桥大学的研究人员首次将系统发生方法(phylogenetic method)应用于病毒学的研究,显然有助于追踪新冠病毒的感染演化进程。

  “有太多的快速突变以致于我们无法整齐地追踪新冠病毒家族图谱树。但我们使用了数学网络算法使得图谱树能够可视化。”剑桥大学遗传学教授、论文作者彼得·福斯特(行情603806,诊股)博士(Dr Peter Forster)说道。该研究团队认为,之所以追踪顺利,是因为他们采用的是DNA绘制技术,这是一种早前追踪人类迁徙史的技术。

对于病毒是否起源于中国武汉,这篇论文给予了详细阐述。

  福斯特博士和他的研究团队发现,A类病毒并不是武汉这座城市的主要病毒类型,在武汉只有极少A案例,而且武汉A类病毒的来源,居然是在这座城市生活过的美国人。

  在武汉传播的主要病毒属于B类,在东亚各地的患者中普遍存在,该团队强调称,通过研究亚洲以外的病毒发现,从A类转化而来的B类病毒,没有传播到东亚地区以外的地方,似乎对其他地方有“抵触”。

  该团队称,A类和从蝙蝠、穿山甲身上提取的病毒最为相似,所以他们断定,A类病毒为“爆发根源”(the root of the outbreak)。

  C类病毒为欧洲感染者主要携带的病毒,在法国、意大利、瑞典和英国的早期患者身上都有发现。该研究指出,在中国大陆的样本中并没有发现C类病毒,但在新加坡、香港和韩国的样本中有所发现。

  关于意大利这一感染重地,该团队也有研究跟踪。论文指出,新的分析还表明,最早进入意大利的病毒,居然是1月27日首次记录在德国的感染者身上,而另一种早期在意大利的感染途径与“新加坡群”有关。

  剑桥大学的科学家们认为,第一次感染并在人类中传播的新冠病毒发生在9月中旬到12月初之间。他们认为,基因传播追踪技术方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序,甚至可以帮助预测未来全球疾病传播和激增的热点。

  福斯特表示:“系统发育网络分析有可能帮助确定未经证实的新冠病毒感染源,然后可以对其进行隔离,以遏制该疾病在世界范围内的进一步传播。”

  

关键词阅读:病毒

责任编辑:张振江
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